Das Präsidium legt die Grundsätze der Verbandsarbeit fest. In seinen Sitzungen werden die Anliegen des Verbands, der Bezirksverbände, der Fischerjugend, der Ausschüsse sowie der Abteilungen diskutiert und Beschlüsse gefasst.
Dem Präsidium gehören die Mitglieder des geschäftsführenden Präsidiums an, ein Vertreter jedes Bezirksverbands, die Obmänner der Abteilungen und Fachgruppen, der Vorsitzende des Ausschusses für Fischerei- und Gewässerschutz sowie die Landesjugendleiterin.
Präsident
Der Präsident vertritt die Belange des Verbands gegenüber der Öffentlichkeit, der Politik und anderen Interessengruppen. Außerdem verfügt er nach den Beschlüssen des geschäftsführenden Präsidiums über die Verbandsmittel im Rahmen des Haushaltsplans.
Geschäftsführendes Präsidium
Das geschäftsführende Präsidium leitet die tägliche Arbeit des Verbands und verwaltet dessen Vermögen. Es besteht aus dem Präsidenten, zwei Vizepräsidenten, (einer von ihnen ist zuständig für die Angelfischerei, der andere für die Berufsfischerei), dem Schriftführer, dem Schatzmeister und dem Justitiar.
Präsident Prof. Dr.-Ing. Albert Göttle leitet den Landesfischereiverband seit 2013. Zuvor war er Präsident des bayerischen Landesamts für Umwelt.
Vizepräsident für die Angelfischerei Willi Ruff ist gleichzeitig Vorsitzender des Fischereivereins „Die Isarfischer“ in München.
Vizepräsident für die Berufsfischerei Alfred Stier ist Fischwirtschaftsmeister und Betreiber einer Teichanlage in der Oberpfalz.
Schatzmeister Friedrich Schmauser ist amtierender Präsident des Bezirksfischereiverbands Oberfranken
Schriftführer Hans-Dieter Scheiblhuber ist auch aktiv als 1. Vorsitzender Fischereiverein Unterer Inn, 1. Vorsitzender Innfischereigenossenschaft und Vizepräsident des Fischereiverbands Niederbayern
Justitiar Dr. Christoph Papenberg arbeitet als Anwalt in München